Organizacja urzędu skarbowego została określona regulaminem nadanym przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu na podstawie Zarządzenia  Ministra Rozwoju i  Finansów z dnia 24 lutego 2017 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib dyrektorów izb administracji skarbowej, naczelników urzędów skarbowych i naczelników urzędów celno-skarbowych oraz siedziby dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (Dz. U. z 2017 r. poz. 393).
 
Na czele urzędu skarbowego stoi naczelnik powoływany i odwoływany z tej funkcji przez Ministra Rozwoju i Finansów. Kieruje on pracą urzędu za pośrednictwem Zastępców, których powołuje i odwołuje dyrektor izby administracji skarbowej na wniosek naczelnika urzędu. Kierownicy samodzielnych komórek organizacyjnych, kierują ich pracami na podstawie przyznanych uprawnień, w ramach kompetencji nadanych poszczególnym pionom organizacyjnym urzędu skarbowego.
 
Szczegółowe kompetencje przypisane do określonych funkcji znajdujących się w strukturze organizacyjnej urzędu skarbowego określa regulamin organizacyjny.